中國證券監督管理委員會內蒙古監管局的主要職責是：貫徹執行國家的有關法律法規和方針政策，按照中國證監會的規定對轄區內上市公司、非上市公眾公司、證券期貨基金經營機構、私募基金、證券投資咨詢機構及具有證券期貨相關業務許可證的律師事務所、會計師事務所、資產評估機構等中介機構的證券期貨業務活動進行監督管理；防范和處置轄區有關市場風險；依法查處轄區內監管范圍的違法違規案件；聯合有關部門依法打擊轄區非法證券期貨活動；履行法律、行政法規規定和中國證監會授權的其他職責。

按照中國證監會的要求，內蒙古證監局設置：辦公室、黨務工作辦公室（紀檢辦公室）、公司監管處、機構監管處、稽查處、綜合業務監管處、法治處共7個處室。具體職能如下：

一、辦公室

核心職責：負責機關綜合行政事務工作；負責財務預算與執行、勞資工作；負責與地方各級政府和有關部門的綜合協調工作；負責新聞宣傳和輿論引導工作；負責機關保密工作；負責突發事件應急處置和安全保衛工作等。

附加職責：牽頭轄區監管信息系統的建設與管理、信息系統安全保密管理以及計算機網絡設備管理維護工作。

二.黨務工作辦公室（紀檢辦公室）

核心職責：負責組織人事工作；黨務工作；負責監督執紀問責和監察、廉政教育、黨員和干部監督管理，違紀案件調查等工作。

附加職責：指導工會、團委開展工作。

三.公司監管處

核心職責：負責轄區上市公司、公司債券發行人、資產支持證券發行人的日常監管、風險防范與處置，按規定對上述市場主體的違法違規行為進行調查。

附加職責：牽頭對會計師事務所、資產評估、資信評級等機構從事證券期貨業務活動的監管。

四.機構監管處

核心職責：負責轄區證券期貨基金經營機構（含證券公司、期貨公司、公募基金管理人、私募基金管理人、證券投資咨詢機構及其他經營證券期貨相關業務機構）的日常監管、風險防范與處置，按規定對上述市場主體的相關違法違規行為進行調查。

附加職責：牽頭信息技術系統服務機構日常監管、風險防范與處置；牽頭科技監管工作，研究制定科技監管規則和規劃，協調中央與地方監管信息平臺的合作創新；牽頭轄區證券期貨行業反洗錢相關協調工作。

五.稽查處

核心職責：按“總對總”機制及時報送線索；負責自立案件和證監會交辦案件的調查、復核及相關協查、協調工作；建立健全與轄區公安、司法機關等有關單位執法協作機制，并推動調查組織模式及科技執法創新。

六.綜合業務監管處

核心職責：負責轄區北交所上市公司和非上市公眾公司的日常監管、風險防范與處置，擬上市公司的輔導監管，按規定對上述主體的違法違規行為進行調查；負責配合地方政府相關部門打擊非法證券期貨活動和清理整頓各類交易場所，并建立長效管理機制；負責對地方政府相關部門開展區域性股權市場工作進行業務指導、協調和監督，風險預警提示和處置督導。

附加職責：牽頭信息收集、統計、分析與發布、報送等工作；牽頭轄區市場發展研究等工作；負責綜合性文件起草工作。

七.法治處

核心職責：負責案件審理、行政處罰及執行等工作；法律事務審核工作；涉及本單位的行政訴訟、行政復議以及公檢法等部門來訪工作；律師事務所從事證券法律業務的監管；法律宣傳工作；誠信建設工作。

附加職責：負責行政許可工作；牽頭負責投資者教育和保護工作;信訪、投訴、舉報事項的受理及轉辦工作和后期答復的審核; 牽頭負責監管文化建設工作等。