福建證監局內設13個處（室），分別為辦公室、黨務工作辦公室、紀檢辦公室、公司監管一處、公司監管二處、機構監管處、稽查處、法治處、綜合業務監管處、期貨監管處、債券監管處、信息調研處、私募基金監管處。各處（室）主要職責如下：

    辦公室：負責機關綜合行政事務、公文運轉、機要保密、國家安全、財務管理、資產管理、督查督辦、定點幫扶、勞資等工作；負責行政許可事項的接收、送達工作；負責維穩等工作；負責與地方各級政府和有關部門的綜合協調工作；負責本局信息系統建設和運維管理工作；負責本局后勤保障相關工作。

    黨務工作辦公室：承擔黨委落實全面從嚴治黨主體責任相關工作；承擔本局黨的建設工作；負責黨務工作、意識形態和監管文化建設等工作；負責黨員和干部日常教育管理監督等工作；負責組織人事工作以及工青團婦工作。

    紀檢辦公室：承擔紀委落實全面從嚴治黨監督責任相關工作；負責紀律教育、政治監督、紀律監督、公權力運行監督檢查、黨員和干部日常監督、問題線索處置和案件查辦、廉潔文化建設等工作；協助局黨委開展全面從嚴治黨和黨風廉政建設。

    公司監管一處：負責轄區滬深交易所上市公司監管工作；牽頭會計監管相關工作；負責對證券服務機構及其從業人員在轄區從事滬深交易所上市公司相關業務活動進行日常監管、現場檢查。牽頭指導福建省上市公司協會。
   
    公司監管二處：負責轄區北交所上市公司和非上市公眾公司的監管工作；負責對證券服務機構及其從業人員從事非上市公眾公司和北交所上市公司相關業務活動進行日常監管、現場檢查。

    機構監管處：負責轄區證券經營機構、投資咨詢機構、公募基金分支機構、公募基金銷售機構、信息技術服務機構的監管工作；負責牽頭科技監管，落實行業科技建設、信息安全監管等事項，協調推進科技監管系統運用；牽頭協調做好對外開放、金融創新等相關政策落地及政府函件答復工作。牽頭指導福建省證券期貨業協會。
   
    稽查處：負責自立案件及證監會交辦案件的立案、報備、調查、復核、總結、宣傳等工作；辦理證監會系統內外相關單位案件協查及涉外執法協作工作；牽頭承擔轄區證券期貨行業反洗錢相關協調工作；配合做好公安、司法、紀檢等部門商請協查事項。
   
    法治處：負責審理處罰工作；負責對律師事務所在轄區從事證券法律業務進行監管；牽頭做好涉及本局的行政訴訟、民事訴訟、行政復議工作；牽頭做好轄區證券期貨普法宣傳、轄區市場誠信建設工作；歸口管理司法機關來訪接待、證券期貨事項性質認定。牽頭組織、協調轄區投資者保護和教育工作，歸口管理和協調處理轄區證券期貨信訪事項等。
   
    綜合業務監管處：負責推進轄區滬深交易所和北交所擬上市公司的輔導監管、現場檢查、信訪事項處理、風險防范和協調處置等工作；對口聯系地方政府和有關部門推進轄區企業上市資源培育工作。
   
    期貨監管處：負責轄區期貨經營機構的日常監管、現場檢查、信訪事項處理、信息安全監管、行業科技建設、風險處置等工作。
   
    債券監管處：負責轄區公司債券發行人、企業債券發行人、資產支持證券發行人、公募REITs項目發行人的日常監管、現場檢查、風險的防范及協調處置、信訪事項處理工作；負責對證券服務機構及其從業人員在轄區從事債券發行相關業務活動進行日常監管、現場檢查；聯系和指導地方政府與企業推進公司債券、企業債券發行和推動資產證券化、公募REITs項目申報落地。
   
    信息調研處：牽頭本局信息工作，牽頭對外新聞宣傳、輿論引導等工作；牽頭起草全局綜合性文稿，牽頭協調金融服務實體經濟相關政策落地及政府文件辦理和回復工作；負責轄區市場發展研究等工作，組織協調開展有關調研工作；協調人大代表建議與政協委員提案的辦理工作；牽頭本局政務信息公開管理工作；負責轄區資本市場數據統計工作。
   
    私募基金監管處：負責轄區私募基金的日常監管、現場檢查、信訪事項處理、風險處置；負責轄區打擊非法證券期貨活動相關工作；負責區域性股權市場的協調監管工作；協助配合地方政府清理整頓各類交易場所相關工作。